Utvidet modell for beregningen av QTL IPN-verdi hos stamfisken
- Familieavl er en svært effektiv metode for å øke innslaget av IPN resistent fisk, sier Håvard Bakke i nyhetsbrevet til Salmobreed.
Denne artikkelen er tre år eller eldre.
Salmobreed har også i år gjort genetiske analyser på flere tusen hannfisk med tanke på å identifisere fisk med positive genetiske markører for IPN resistens. Høsten 2010 var første gang vi tok i bruk QTL teknologien, og dette er således fjerde året SalmoBreed gjør slike analyser. SalmoBreed har drevet familiebasert utvalg for IPN resistens siden 2004, og de siste årene har det vært en jevn stigende overlevelse i smittetesten for IPN.
- Dette viser at familieavl er en svært effektiv metode for å øke innslaget av IPN resistent fisk» sier Håvard Bakke – genetikkansvarlig hos SalmoBreed i selskapets nyhetsbrev.
Som en naturlig konsekvens av dette har Salmobreed sin avlskjerne i dag en god frekvens av resistensgener for IPN-viruset.
- Dette er også absolutt en fordel når vi skal kombinere denne egenskapen med andre viktige produksjonsegenskaper for oppdrettsnæringen, slik som for eksempel resistens mot Pancreas Disease og lus, sier Bakke.
På vegne av SalmoBreed har Nofima gjort QTL analysene basert på mikrosatelitter relatert til området på genomet som ifølge vitenskapelig arbeid er kjent for stor effekt på IPN resistens. Dette har gitt en fin fordeling av homozygot resistent (RR), heterozygot (Rs) og homozygot mottakelig (ss) fisk. Noen kombinasjoner av markører (haplotyper) har ikke gitt et tydelig nok svar om IPN QTL genotypen, og Salmobreed har derfor sammen med sine samarbeidspartnere systematisk arbeidet med en metode for å utvide analysen for å sikre utvalget av de rette stamfiskene.
Akvaforsk Genetics Center (AFGC) har gjort statistiske analyser basert på mikrosatellitt- markører brukt i genetisk modell (animal threshold genetic model). De har så beregnet en markørbasert avlsverdi (MEBV) for hver fisk basert på en kombinasjon av markør- og polygenisk familieinformasjon. Avlsverdien for IPN resistens blir derfor ikke en enten/eller verdi, men en kontinuerlig avlsverdi. Grenseverdien for avlsverdien settes så høyt at det minimum tilsvarer en RR status for stamfisken.
