Genetisk opptur med ny SNP-chip
Tar i bruk betydelig forbedret SNP-chip.
Denne artikkelen er tre år eller eldre.
Den ser liten ut, men representerer et stort genetisk fremskritt i avlsarbeidet. I mars tok Benchmark Genetics i bruk sin nye SNP-chip Benchmark Genetics SNP Array v.04 (BerGen04) som gir betydelig økt presisjon i avlsarbeidet.
Den nye chippen BerGen04 kan analysere hele 384 prøver for tusenvis av gener, og vil øke selskapets genomiske presisjonen i avlsarbeidet betydelig. Det er godt nytt for laksens sykdomsresistens, vekst og robusthet både i sjø og på land – som igjen gir bedre økonomisk uttelling for oppdretterne.
Kartlegger genetiske markører
Siden 2010 har Benchmark Genetics benyttet svært avanserte genomiske verktøy i sitt avlsprogram for laks. Genetikksjef Borghild Hillestad og Chief Scientist of Research and Development, Hooman Moghadam, har begge doktorgrad innen genetikk. For oss andre, kan det være greit å få forklart hva en SNP-chip egentlig er:
– Med en SNP-chip kan vi hente ut tusenvis av genetiske markører (SNPer) fra DNAet til laksen og den eksakte genotypen for hver enkel SNP hos hver spesifikk laks vi ønsker å analysere, forklarer Borghild Hillestad. Dermed får vi en oversikt over hvert enkelt individs genomiske uttrykk.
SNP/genetiske markører
Et enkeltområde (basepar) på DNA der det er variasjon mellom individer i populasjonen kalles en Single Nucleotide Polymorphism (SNP). SNPer blir ofte nedarvet sammen med gener de ligger tett ved og inneholder derfor viktig informasjon om hvilke genvarianter individet har. De blir derfor kalt genetiske markører. Ved genotyping bruker man en SNP-chip til å lese av et visst antall SNPer jevnt fordelt utover alle kromosomene.
Kilde: geno.no
Foto: Thomas Morel
Den nyutviklede SNP-chipen BerGen04 er liten i størrelse, men representerer et genomisk kvantesprang i avlsarbeidet.
– Genotypene kan vi bruke til å trekke ut QTLer (et område på genomet der det fins ett eller flere gener som virker inn på en viss egenskap). Vi kan også bruke genomisk seleksjon for å velge de avlskandidatene som presterer godt på én eller flere egenskaper. Disse avlskandidatene bruker vi videre i avlsarbeidet til å produsere befruktet rogn til kundene våre. Målet i avlsarbeidet vårt er å øke frekvensen av enkelte viktige genotyper i populasjonen. Ikke minst gjelder dette de som fører til økt sykdomsresistens og kvalitetsegenskaper, utdyper hun.
For Benchmark Genetics er det spesielt sykdommene PD, IPN, CMS og ILA som prioriteres i avlsarbeidet. I tillegg selekteres det på egenskaper som vekst og motstandskraft mot lus som alene koster bransjen mer enn 5 milliarder norske kroner årlig.
Et nytt verktøy i verktøykasssen
Den forrige SNP-chipen NOFSAL03 ble utviklet i samarbeid med Mowi og Nofima i 2014. Den nye BerGen04 bygger på NOFSAL03 men er egenhendig utviklet av oss, forteller Hooman Moghadam som har stått for design av chipen. Antall SNP-er og forklaringsgrad har økt betraktelig, noe som gir genetikerne betydelig mer informasjon enn tidligere.
– I tillegg har vi tatt med markører fra mer enn 100 helgenomsekvensert fisk. Dette vil hjelpe oss i arbeidet med å lokalisere det genet som påvirker egenskapen vi søker etter, for eksempel resistens mot PD eller CMS, sier Moghadam.
– Ved hjelp av BerGen04 kan vi finne selve genet som påvirker egenskapen, eller markører som er sterkt linket til dette genet som utgjør en QTL. QTL-egenskaper vi har i dag er pigment, samt robusthet for IPN, CMS og PD, legger han til.
Høy bærekraft i gode gener
Men å spore seg frem til det rette genet er ganske komplisert. Arbeidet krever både tålmodighet og planmessighet. Likevel synes både Hillestad og Moghadam at dette er noe av det mest spennende man kan drive med fordi det kan gi så store utslag når det gjelder både fiskehelse, miljøet i havet, og ikke minst å sikre sunn mat.
– Det er i alles interesse at fisken holder seg frisk og til slutt havner på verdens matfat, mener de begge.
Les mer om Benchmark Genetics genetikk- og avlsarbeid her.