Nifes har kartlagt genomet til berggylta

Reinsefisk har dei siste åra vorte populære inventar i laksemerdar, fordi dei et parasittar og såleis er ein skånsam måte å få bukt med luseproblemet på, heilt utan kjemikaliar.

– Fram til nyleg har villfanga fisk vorte nytta, men reinsefisk er blitt så populært at dette ikkje lenger er berekraftig. Løysinga har vorte oppdrett av mellom anna leppefisken berggylte, seier forskar Øystein Sæle.

Avansert kokebok

Oppdrett av nye fiskeartar gir nye utfordringar. Det har difor vore nødvendig å kartleggje, eller som det heiter på fagspråket, sekvensere, genane til den vesle fisken. På denne måten kan forskarane studere kva ernærings- og livsbehov berggylta har.

I dette prosjektet har forskarar frå NIFES og Senter for økologisk og evolusjonær syntese (CEES) no funne fram til oppskrifta på berggyltegenomet. Men kva er eigentleg eit genom?

– Eit genom er heile arvestoffet til ein organisme. Svært forenkla kan vi kan seie at genomet inneheld oppskrifta på korleis ein kan lage eit heilt individ, nesten som ei slags kokebok, forklarar Sæle.

Eit gigantisk puslespel

Utgangspunktet for det heile vart ei heldig utvald berggylte frå eit oppdrettsanlegg i Øygarden. Arvestoffet frå fisken vart reinsa, og deretter delt opp i millionar av små bitar.

I prosjektet vart det nytta to ulike teknologiar for å sekvensere arvestoffet. Den eine metoden kan lese av mange, men korte, rekkjer av alle byggjesteinane som til saman utgjer eit genom. Desse sekvensane inneheld lite feil. Den andre metoden produserer svært lange avlesingar av byggjesteinane, men har ofte manglar.

– Ved å bruke to teknologiar, kan kvar av dei dekkje over svakheitene til den andre, forklarar Kai Kristoffer Lie, som også er forskar på NIFES, og som saman med Sæle har vore involvert i kartlegginga av berggyltegenomet.

Når alle bitane med arvestoff er identifisert, må rekkjefølga rekonstruerast, som i eit gigantisk puslespel. For å kunne gjere dette, vert genomet sekvensert svært mange gongar, og ein får mange overlappande bitar. Eit dataprogram kan deretter setje bitane saman og plukke ut dei som er blitt lest av feil.

CEES har lang røynsle med genomsekvensering, og har utvikla ein prosedyre som er brukt i liknande prosjekt tidlegare. Denne prosedyren har òg fungert bra til sekvensering av leppefisken.

Ny og betre teknologi

Tidlegare var det svært vanskeleg og kostbart å undersøke alt DNA-et til eit individ. Dei siste åra har teknologien kome så langt at det er mogleg å sekvensere eit genom av høg kvalitet relativt kjapt og rimeleg.

– Dette er det første leppefiskgenomet av god kvalitet, så det kan fungere som eit såkalla referansegenom. Dersom nokon sekvenserar genomet til ein annan leppefisk, kan det nye genomet samanliknast med dette, seier Lie.

DNA står for deoksyribonukleinsyre, og er eit kjemisk stoff som finst i alle celler. Det mest brukte målet på lengda av DNA, er antal nukleinsyrar gitt som megabasar.

– Det ferdig kartlagde berggyltegenomet var på 805 megabasar. Dette er om lag på same storleik som genomet til torsken. Til samanlikning er genomet til laksen, og faktisk også mennesket, på om lag 3000 megabasar, seier Lie.

Den best moglege gylta

- Kva er eigentleg vitsen med å kartleggje genomet til berggylta?

– Når vi no har fått kjennskap til genomet, håpar vi på å kunne identifisere genar og genvariasjonar som kan fortelje meir om korleis fisken er bygd opp og fungerer, forklarar Sæle.

Denne informasjonen kan igjen brukast til å sørge for at fisken får den best moglege ernæringa og gode livstilhøve i oppdrettsmerden.

– Vårt endelege mål er jo å kunne lage ein best mogleg luseetar, avsluttar Sæle.